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国指定（特別史跡・史跡）、都指定の遺跡（史跡・旧跡）の一覧です 99.5.31修正
| 区 | 番号 | 遺跡名 | 住所 | 種別 |
| 千代田 | 1 | 江戸城跡 | 千代田区千代田 | 特別史跡 |
| 千代田 | 28 | 江戸城外堀跡 | 千代田区・港区・新宿区 | 国史跡 |
| 千代田・ 中央 | 30 | 常盤橋門跡 | 千代田区大手町2・ 中央区日本橋本石町2 | 国史跡 |
| 中央 | 9 | 旧浜離宮庭園 | 中央区浜離宮庭園1 | 特別史跡 |
| 港 | 18 | 西久保八幡貝塚 | 港区虎ノ門5 | 史跡 |
| 港 | 24 | 丸山古墳 | 港区芝公園4 | 史跡 |
| 港 | 57 | 亀塚 | 港区三田4 | 史跡 |
| 港 | 62 | 品川台場（第三・第六） | 港区港南5 | 国史跡 |
| 港・ 品川 | 67・ 7 | 旧白金御料地 | 港区白金台5・ 品川区上大崎2 | 国史跡 |
| 港 | 98 | 旧新橋停車場跡 | 港区海岸1 | 国史跡 |
| 文京 | 14 | 動坂 | 文京区本駒込3 | 史跡 |
| 文京 | 28 | 弥生二丁目遺跡 | 文京区弥生2 | 国史跡 |
| 文京 | 28 | 弥生式土器名称由来地 | 文京区弥生1 | 旧跡 |
| 文京 | 48 | 小石川後楽園 | 文京区後楽1 | 特別史跡 |
| 台東 | 7 | 妙亀塚 | 台東区橋場1 | 旧跡 |
| 墨田 | 1 | 梅若塚 | 墨田区堤通2 | 旧跡 |
| 品川・ 大田 | 16・ 69 | 大森貝塚 | 品川区大井6・ 大田区山王1 | 国史跡 |
| 大田 | 35 | 亀甲山古墳 | 大田区田園調布1 | 国史跡 |
| 大田 | 38 | 宝来山古墳 | 大田区田園調布4 | 史跡 |
| 大田 | 56 | 鵜木大塚古墳 | 大田区雪谷大塚町 | 旧跡 |
| 世田谷 | 88 | 世田谷城跡 | 世田谷区豪徳寺2 | 旧跡 |
| 世田谷 | 127 | 野毛大塚古墳 | 世田谷区野毛1 | 史跡 |
| 世田谷 | 130 | 等々力渓谷三号横穴 | 世田谷区等々力1 | 史跡 |
| 世田谷 | 134 | 御岳山古墳 | 世田谷区等々力1 | 史跡 |
| 杉並 | 54 | 大宮 | 杉並区大宮2 | 史跡 |
| 杉並 | 60 | 釜寺東 | 杉並区方南2 | 史跡 |
| 北 | 27 | 西ヶ原貝塚 | 北区西ヶ原3 | 史跡 |
| 板橋 | 122 | 茂呂 | 板橋区小茂根5 | 史跡 |
| 練馬 | 53 | 石神井城跡及び三宝寺池 | 練馬区石神井台1 | 旧跡 |
| 練馬 | 98 | 尾崎 | 練馬区春日町5 | 史跡 |
| 練馬 | 130 | 練馬城跡 | 練馬区向山3 | 旧跡 |
| 足立 | 10 | 白旗塚古墳 | 足立区東伊興町 | 史跡 |
| 八王子 | 42・486 | 八王子城跡 | 八王子市八王子町3・ 下恩方町・西寺方町 | 国史跡 |
| 八王子 | 55 | 滝山城跡 | 八王子市高月町・ 加住町1・丹木町 | 国史跡 |
| 八王子 | 104 | 北大谷古墳 | 八王子市大谷町 | 旧跡 |
| 八王子 | 121 | 小仏関跡 | 八王子市裏高尾町 | 国史跡 |
| 八王子 | 126 | 船田石器時代遺跡 | 八王子市長房町 | 国史跡 |
| 八王子 | 137 | 初沢城跡 | 八王子市初沢町 | 旧跡 |
| 八王子 | 140 | 椚田遺跡 | 八王子市椚田町 | 国史跡 |
| 八王子 | 165 | 片倉城跡 | 八王子市片倉町 | 史跡 |
| 立川 | 17 | 立川氏館跡 | 立川市柴崎町4 | 史跡 |
| 武蔵野・ 三鷹 | 3・ 48〜50 | 井の頭池遺跡群 | 武蔵野市吉祥寺南町1他 三鷹市井の頭3他 | 史跡 |
| 三鷹 | 7 | 出山横穴墓群第八号墓 | 三鷹市大沢2 | 史跡 |
| 三鷹 | 50 | 井の頭池（神田上水水源地） | 三鷹市井の頭4 | 旧跡 |
| 青梅 | 101 | 勝沼城跡 | 青梅市東青梅6 | 史跡 |
| 青梅 | 153 | 青梅新町の大井戸 | 青梅市新町宮ノ前 | 史跡 |
| 府中 | 11 | 三千人塚 | 府中市矢崎町2 | 旧跡 |
| 調布 | 46 | 下布田遺跡 | 調布市布田6 | 国史跡 |
| 調布 | 59 | 深大寺城跡 | 調布市深大寺元町2 | 旧跡 |
| 町田 | 32 | 相原窯跡 | 町田市相原町陽田谷戸 | 旧跡 |
| 町田 | 102 | 町田市田端環状積石遺構 | 町田市小山町 | 史跡 |
| 町田 | 442 | 下三輪横穴 | 町田市三輪町 | 旧跡 |
| 町田 | 449 | 西谷戸横穴墓群 | 町田市三輪町 | 史跡 |
| 町田 | 573 | 本町田遺跡 | 町田市本町田 | 史跡 |
| 町田 | 643・644 | 高ケ坂石器時代遺跡 | 町田市高ケ坂 | 国史跡 |
| 町田 | 736 | 小山田一号遺跡 | 町田市小山町桜台2 | 史跡 |
| 日野 | 8 | 坂西横穴墓群 | 日野市大坂上1 | 史跡 |
| 日野 | 38 | 落川遺跡 | 日野市落川 | 史跡 |
| 東村山 | 17 | 廻田石器時代遺跡 | 東村山市廻田 | 旧跡 |
| 国分寺 | 10 | 武蔵国分寺跡 | 国分寺市西元町 | 国史跡 |
| 国立 | 17 | 三田氏館跡 | 国立市谷保 | 旧跡 |
| 狛江 | 55 | 兜塚古墳 | 狛江市中和泉3 | 史跡 |
| 東久留米 | 3 | 新山遺跡 | 東久留米市下里3 | 史跡 |
| 東久留米 | 7 | 下里本邑遺跡 | 東久留米市野火止3 | 史跡 |
| 多摩 | 5 | 稲荷塚古墳 | 多摩市百草 | 史跡 |
| 多摩 | 224 | 霞ノ関南木戸柵跡 | 多摩市関戸 | 史跡 |
| 多摩NT | 57 | 多摩ニュータウンNo.五七遺跡 | 多摩市落合1 | 史跡 |
| 稲城 | 82 | 瓦谷戸窯跡 | 稲城市大丸 | 旧跡 |
| あきる野 | 6 | 戸倉城跡 | あきる野市戸倉 | 史跡 |
| あきる野 | 48 | 羽ケ田石器時代住居跡 | あきる野市草花 | 旧跡 |
| あきる野 | 63 | 草花石器時代住居跡 | あきる野市草花 | 旧跡 |
| あきる野 | 67 | 瀬戸岡古墳群 | あきる野市瀬戸岡 | 旧跡 |
| あきる野 | 79 | 大塚古墳 | あきる野市雨間 | 旧跡 |
| あきる野 | 80 | 西秋留石器時代住居跡 | あきる野市牛沼 | 国史跡 |
| あきる野 | 89 | 前田耕地遺跡 | あきる野市野辺1 | 史跡 |
| あきる野 | 91 | 二宮神社並びに城跡 | あきる野市二宮 | 旧跡 |
| 檜原 | 19 | 檜原城跡 | 檜原村本宿 | 史跡 |
| 大島 | 3 | 鉄砲場の岩陰遺跡 | 大島町泉津 | 史跡 |
| 大島 | 15 | 大島下高洞遺跡 | 大島町元町 | 史跡 |
| 大島 | 21 | 大島竜の口遺跡 | 大島町野増 | 史跡 |
| 利島 | 1 | ケッケイ山遺跡 | 利島村西山 | 史跡 |
| 利島 | 3 | 利島大石山遺跡 | 利島村西山 | 史跡 |
| 新島 | 6 | 吹之江遺跡 | 新島村式根島泊 | 史跡 |
| 三宅 | 10 | 三宅島ココマ遺跡 | 三宅村坪田 | 史跡 |
| 三宅 | 33 | 三宅島大里遺跡 | 三宅村坪田 | 史跡 |
| 御蔵島 | 1 | ゾウ遺跡 | 御蔵島村里 | 旧跡 |
| 八丈 | 1 | 八丈島湯浜遺跡 | 八丈町樫立 | 史跡 |
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