電子カルテシステムが普及し始めていますが、これは、記録を紙に書くのではなく、直接パソコン等のコンピュータに入力するもので、初めから電子データとして記録されます。
これに対しカルテの電子化は、一旦紙に書いたカルテをスキャニング等で電子化しようとするもので、両者は明確に区別しておく必要があります。

電子データとして保存が可能なもの

94年の通達により、エックス線写真に代表される医用画像の電子保存が認められるようになりました。さらに99年には、診療録まで拡大され、カルテなども電子的に保存することが可能となりました。
さらにe-文書法の制定により、スキャニングによる電子化を含め、ほとんどの文書の電子化が可能となりました。(詳しくは厚生労働省が出した通知「民間事業者等が行う書面の保存等における情報通信の技術の利用に関する法律等の施行等について」を参照してください。）

電子化が制限されているもの

• 処方せん：無診察治療の防止をする必要があること等から電磁的記録による作成を認めないこととし、電磁的形態としてスキャナ保存のみを認める。
• 訪問看護指示書等：患者等による訪問看護事業所の自由な選択の保証の観点等から、電磁的記録による交付の対象としない。
• 麻薬等の譲渡証：譲渡する際その場で現品と譲渡証内容を確認する必要があるため、電磁的記録による交付にはなじまず、対象としない。

医療に関する業務等に支障が生じることのないよう、保存義務のある書類としての必要な情報量を確保するため、一定の規格・基準を満たすスキャナを用いることとしています。
診療情報提供書等の紙媒体の場合は、300dpi、RGB 各色8 ビット（24 ビット）以上でスキャンを行なうこととしていますが、あくまでも医療に関する業務等に差し支えない精度が必要であり、その点に十分配慮することと、ガイドラインの規定にあいまいさが残っているように感じられます。
一方で、もともとプリンタ等で印字したもので、スキャン精度をある程度落としても見読性が低下しない場合は、スキャン精度を下げることもできると、柔軟な姿勢も示しています。