STORY
【タンカー編】
主人公・ソリッドスネークと、相棒のオタコンでハドソン川を航行中の偽装タンカーに
新型メタルギアがあるとの情報を入手し潜入する事になった。
しかし、その行動に時をあわせたかのように、タンカーは武装集団によって制圧される。
（武装集団は、ロシアの人である)
【プラント編】
タンカー事件の２年後、海洋除染施設「ビッグ・シェル」で「サンズオブリバティ」と名乗る
武装集団によって占拠された。主人公・雷電（序盤はスネーク）が、大佐とローズたちで
武装解除と、大統領救出に向かう。
（武装集団には、デッドセルが絡む）